Numerosi reperti nelle campagne limitrofe testimoniano le antiche origini Etrusco -Romane di Canepina.
Fondata dai prefetti di Vico nel 1058, durante il Papato di Papa Leone IX, fecero edificare un imponente castello in una splendida posizione dominante. Successivamente subentrarono gli Orsini poi gli Anguillara e i Colonna. Nel 1154 il castello venne acquistato da Adriano IV divenendo così  patrimonio di S. Pietro. Nel 1170 i Viterbesi, vittoriosi su Ferento, Corneto e Orvieto, cercarono di conquistare il castello di Canepina ma solo nel 1174 vennne comprovato a Viterbo dall’arcivescovo Cristiano di Magonza, Cancelliere Imperiale il possesso dei vari castelli fra cui quello di Canapina. Nel 1332 i Viterbesi come garanzia di fedeltà, donarono  il castello di Canepina alla S. Sede; Nel  1534 alla morte di Clemente VII, Papa Paolo III, con la Bolla “Vices licet imeriti”, del 31 ottobre 1537, costituì per i suoi discendenti il Ducato di Castro, che comprendeva i territori dal Lago di Bolsena al litorale tirrenico e vi aggiunse la contea di Ronciglione, di cui entrò a far parte anche Canepina.
La vita dello stato farnesiano durò poco più di un secolo: infatti nel 1649 l’inimicizia del Papa Innocenzo X e disua cognata, donna Olimpia Maidalchini Pamphili, portò alla distruzione di Castro ed alla fine del ducato, con il conseguente ritorno dei territori sotto la giurisdizione pontificia.