Le Antichissime origini di Carbognano vanno a collocarsi durante il periodo Etrusco Romano. Numerose testimonianze costituite da ritrovamenti di sepolcri rudimentali sono state rinvenute in località "Costa dei Galli".
A partire dal X secolo il feudo di Carbognano risulta iscritto tra i possedimenti dell'Abbazia di Farfa. Durante il corso del XIV secolo appartenne alla potente famiglia dei Prefetti di Vico e successivamente passò tra i possedimenti della Camera Apostolica. Nel 1494 Papa Alessandro VI Borgia decise di concedere Carbognano ad Orsino Orsini, signore di Bassanello e a sua moglie Giulia Farnese che vi soggiornò fino al 1522. Dopo di lei sua figlia Laura lo lasciò in eredità a Giulio della Rovere, nato dal suo matrimonio con Nicolò della Rovere.
Nel 1630, Papa Urbano VIII Barberini elevò Carbognano a Principato e, dopo una serie di unioni matrimoniali, esso finì tra i possedimenti della famiglia Colonna di Sciarra, a cui rimase fino al 1870.